Mars Polar Lander medbringer to mikroprober, kaldet Deep Space 2, som sidder uden på rejsetrinnet og frigøres fra det, kort efter at selve landeren også er frigjort. Under hele rejsen til Mars har de to mikroprober været slukkede, og NASA hører først fra dem efter at de har ramt Marsoverfladen. Det er meningen, at de skal slå ned omkring 100 kilometer fra selve Mars Polar Landers landingsted, og NASA forventer at få data tilbage fra dem indenfor to timer efter nedslaget.De to mikroprober er blevet døbt Amundsen & Scott efter de første to mennesker som nåede frem til Jordens sydpol.

Proberne er designet til altid at vende den rigtige ende nedad, og sidder i spidsen af skjoldet, med et lavt massemidtpunkt, som på en badmintonbold. Landingsvinklen er yderst kritisk, for at mikroproberne kan bore sig ned i Marsoverfalden. Under nedstigningen måles de G-kræfter, de udsættes for under nedturen og nedslaget i overfladen. Toppen er bygget til at kunne holde til 60.000 G, og spidsen op til 30.000 G ved nedslaget.

NASA regner med, at spidsen, der vejer 670 gram, vil bore sig 0,3 til 1 meter ned i Marsoverfladen. Den indeholder et 3-akset accelerometer, temperaturmålere, styreelektronikken med en 80C51 computer og et lille bor, som tager en prøve ud gennem siden i spidsen. Boret kan tagen en prøve på under 100 milligram som føres ind og falder ned i et forseglet kammer. Her varmes prøven op, og hvis der er vandis i prøven, vil det blive til vandamp. En lille diodelaser bruges til at sende lys igennem vanddampen, og den eventuelle absorption af lyset vil vise, om der findes vand i prøven.

NASA regner med, at proberne fungerer i mindst 50 timer efter nedslaget. På grund af forholdene er proberne bygget til at fungere mellem nul og minus 120 grader Celcius. Hver probe skal gennemføre det underjordiske vanddetektionseksperiment, måle temperaturen i lagene, og følge vejret på nedslagsstedet i 2 dage og sende data tilbage til Jorden via Mars Global Surveyor sonden. Hvis batterierne i proberne holder, kan de fortsætte med at sende data i 1 til 3 dage.